Ципрофлоксациныг түүнд мэдрэг бактериар үүсгэгдсэн дараах халдваруудын эмчилгээнд хэрэглэнэ. Үүнд: Уушгины хатгалгаа, Бөөр, давсаг, шээсний сүвний үрэвсэл, Арьс болон зөөлөн эдийн нянгийн гаралтай үрэвсэл, Ходоод-гэдэсний замын нянгийн гаралтай үрэвсэл, халдварт суулгалт. Түүнд мэдрэг Грам-сөрөг бичил биетнээр үүсгэгдсэн ясны чөмөгний үрэвсэл, Заг хүйтэн.